Los acuarios han sido utilizados durante miles de años. Se sabe que en mesopotámica se criaban peces en estanques desde hace 4500 años. Otras culturas tempranas también han tenido acuarios, incluyendo los egipcios, los chinos, los japoneses y los romanos.
Los chinos desarrollaron la práctica de alimentar a los peces de adorno en pequeños contenedores. Un resultado de su esfuerzo fue el Goldfish, un tipo de carpa.
El cuidado del acuario no fue científicamente establecido hasta que se creó una relación entre oxígeno, animales y plantas recién conocido en siglo XX.

El término acuario apareció por primera vez en los trabajos del científico británico Phillip Gosse (1810-1888).
El primer acuario público fue abierto en 1853 en el Regen´t Park en Londres. Después siguieron más acuarios, en Berlín, París, entre otros.